Het systeem biedt al langere tijd de mogelijkheid om elektronische facturen, webwinkel-bestellingen en cursussen online te betalen. De betalingen worden afgehandeld door ICEPAY of Pay.nl, twee Payment Service Providers die online betalingen verzorgen voor derden.
Vanaf deze versie is het mogelijk om de betaallink als QR-code in de (concept)facturen en aanmaningen op te nemen. Zo kan een factuur snel en gemakkelijk online betaald worden. Dit kun je instellen door de code <AISqrcode> op te nemen in de AUTO-sjablonen (MFORMA). Op het gegenereerde factuur- of aanmaningsdocument wordt dan automatisch een QR-code ingevoegd: